یکی از تعهدات مشترکی که برای اعضاء بر اساس ماده ۱۲ کنوانسیون باسل ایجاد شده است، همکاری با یکدیگر برای تصویب یک پروتکل در خصوص وضع قواعد و رویه های مناسب در خصوص مسئولیت و جبران خسارت ناشی از جابجایی فرامرزی و دفع زباله های خطرناک است. مشورتها در خصوص چنین پروتکلی از سال ۱۹۹۳ آغاز شده است که در پاسخ به نگرانی کشورهای در حال توسعه بود. دلیل این نگرانی کمبود بودجه کشورهای در حال توسعه و همچنین عدم برخورداری از تکنولوژی های مناسب برای برسی مشکل تخلیه غیرقانونی و نشت تصادفی زباله های خطرناک بود. پروتکل باسل در مورد مسئولیت و جبران خسارت برای خسارات ناشی از جابجایی فرامرزی زباله های خطرناک و دفع آن ها (پروتکل مسئولیت) در پنجمین کنفرانس اعضای این کنوانسیون در سال ۱۹۹۹ تصویب شد. این پروتکل هنوز لازم الاجرا نشده است (ژانویه ۲۰۱۱)
هدف پروتکل مسئولیت درنظر گرفتن یک رژیم جامع مسئولیت و جبران خسارت سریع و مناسب برای خسارات ناشی از جابجایی فرامرزی زباله های خطرناک و دیگر زباله ها از جمله تصادفاتی که به خاطر حمل و نقل غیرقانونی اینچنین زباله هایی رخ می‌دهد است. این پروتکل دربردارنده قواعدی در مورد مسئولیت و جبران خسارات برای خساراتی که به علت نشت تصادفی زباله های خطرناک در طی صادرات، واردات یا نابودی زباله ها ایجاد می شود. این پروتکل سؤالاتی را با این عنوان که چه کسی به لحاظ مالی در زمان تصادف مسئول شمرده می شود و همچنین این که تمامی ابعاد موجود در یک جابجایی فرامرزی زباله ها از نقطه ای که زباله ها حمل می‌شوند تا محل صادرات، ترانزیت بین‌المللی، واردات و دفع نهایی آن ها مورد بررسی قرار می‌دهد.
مواد ۱۵، بند ۱۷ و دیگر مقررات کنوانسیون باسل اعضای کنوانسیون به طور ویژه ای اعضاء را مجاز کرده‌است تا در صورت نیاز و برای انجام مسئولیت هایشان و اجرا مؤثر کنوانسیون، مقررات آن را اصلاح کنند. متعاقب این مقررات، کنفرانس اعضاء در جلسه دوم خود در سال ۱۹۹۴ صادرات زباله های خطرناک برای دفع و نابودی از کشورهای عضو سازمان توسعه و همکاری‌های اقتصادی به کشورهای غیر عضو این سازمان را ممنوع کرد. متن این اصلاحیه که موسوم به اصلاحیه کنوانسیون باسل در مورد کنترل جابجایی فرامرزی زباله های خطرناک و دفع آن ها (اصلاحیه ممنوعیت ۱۹۹۵) است تمایز بین کشورهای عضو سازمان همکاری و توسعه اقتصادی با کشورهای غیر عضو این سازمان را استفاده نمی کند. در مقابل، این پروتکل صادرات زباله های خطرناک برای دفع نهایی و بازیافت کردن از آنچه به عنوان کشورهای ضمیمه هفتم (اعضای کنوانسیون که عضو اتحادیه اروپا هستند، کشورهای عضو سازمان توسعه و همکاری های اقتصادی و لیختن اشتاین) به کشورهای غیر ضمیمه هفتم (اعضای دیگر کنوانسیون که عضو ضمیمه نیستند) را منع کرده‌است. اعضاء همچنین به ممنوعیت صادرات زباله های مورد نظر برای بازپروری و بازیافت توافق کرده‌اند. اعضای این پروتکل همچنین توافق کردند که صادرات اینگونه زباله ها را برای بازیافت و استفاده مجدد ممنوع کنند. بر اساس این پروتکل ممنوعیت صادراتی بایستی توسط سه چهارم از اعضای حاضر در زمان تصویب اصلاحیه تصویب شود و هنوز لازم الاجرا نشده است.
۳٫۲- کنوانسیون بین‌المللی جلوگیری از آلودگی ناشی از کشتی‌ها (مارپل) (MARPOL)
کنوانسیون بین‌المللی جلوگیری از آلودگی ناشی از کشتی‌ها در سال ۱۹۷۳ با برگزاری کنفرانس بین‌المللی آلودگی دریا توسط IMO به تصویب رسید و متعاقباً توسط پروتکل ۱۹۷۸ اصلاح گردید. این مقررات دربرگیرنده منابع گوناگون آلودگی ناشی از کشتی‌ها بوده و هدف اصلی آن، حذف آلودگی عمدی محیط زیست دریا به وسیله نفت و سایر مواد مضر و کاهش تخلیه چنین موادی به صورت عمدی و یا غیرعمدی، از طریق اعمال قوانین و مقررات بر کشتی‌ها و بنادر می‌باشد[۳۴]. ضمایم ۵ و ۶ کنوانسیون مارپل در سال ۲۰۱۱ مورد بازبینی قرار گرفت.
۳٫۲٫۱- کاربرد کنوانسیون
۱) درخصوص کشتی هایی که حق برافراشتن پرچمی که دولت عضو را داشته باشند.
۲) درخصوص کشتی هایی که حق برافراشتن پرچم یک دولت عضو را ندارند و لی تحت نظر آن ها بهره برداری می‌گردند.
هر گونه تخلف از الزامات کنوانسیون ممنوع می‌باشد و مجازات هاباید تحت قوانین دستگاه اجرایی کشتی متخلف صورت پذیرد. همچنین هر گونه تخلف درمنطقه تحت حاکمیت هر دولت عضو ممنوع بوده و مجازات‌ها باید تحت مقررات همان دولت عضو صورت پذیرد.
چنانچه تخلیه و یا آلودگی رخ دهد، هر دولت عضو باید مدارک و مستنداتی که نشان دهنده تخلیه مواد مضر یا جریانی از مواد که حاوی چنین مواد مضری باشد که باعث تخلف از مفاد کنوانسیون گردد را جهت مرجع دریایی دولت صاحب پرچم کشتی تهیه و ارائه نماید و هنگامی که یک دولت عضو گزارشی مبنی بر سانحه آلودگی دریافت نمود باید بلافاصله مرجع دریایی کشتی آلوده کننده را از وقوع سانحه آلودگی مطلع نماید. درصورتی که یک سانحه دربردارنده اثر اتم ضرر مهمی برای محیط زیست باشد، دولت های عضو باید به سانحه رسیدگی و متخلفین به دادگاه معرفی شده و مجازات ها باید به اندازه کافی محکم باشند تا از وقوع مجدد تخلف جلوگیری نمایند.
۳٫۲٫۲- ضمائم مارپل
۱-مقررات برای جلوگیری از آلودگی ناشی از نفت
۲-مقررات برای کنترل آلودگی توسط مواد مایع سمی به صورت فله
۳-مقررات برای جلوگیری از آلودگی توسط مواد مضر بسته بندی شده
۴-مقررات برای جلوگیری از آلودگی توسط فاضلاب کشتی ها
۵-مقررات برای جلوگیری از آلودگی توسط از زباله کشتی ها
۶-مقررات برای جلوگیری از آلودگی هوا ناشی از کشتی
دولت جمهوری اسلامی ایران به سه ضمیمه ۱، ۲ و ۵ آن در سال ۱۳۸۱ وضمایم ۳،۴ و ۶ در سال ۱۳۸۸ ملحق گردیده و بر اساس ضمائم کنوانسیون مارپل، بنادر باید به تسهیلاتی در جهت دریافت مواد زائد از کشتی ها مجهز شوند و مواد زائد مربوط به مواد نفتی و ضایعات نفتی، روغن سوخته و اسلاج، آب خنو زباله را از شناورها دریافت می‌کند.
۳٫۲٫۳- تخلیه زباله به دریا درمناطق ویژه دریایی
تخلیه زباله‌های زیر به دریا در مناطق ویژه تنها در شرایط زیر و در حالتی مجاز است که کشتی در حال حرکت باشد:
۱ تخلیه زائدات خوراکی در بیشترین فاصله ممکن از نزدیک‌ترین ساحل و حداقل ۱۲ مایل دریایی از نزدیک‌ترین ساحل یا توده یخی. زائدات خوراکی باید خرد یا آسیاب شده باشند و بتوانند از صافی با دریچه‌های حداکثر ۲۵ میلیمتر مربع عبور نمایند. زائدات خوراکی نباید به هیچگونه زباله دیگری آلوده شده باشند. تخلیه محصولات برگرفته از گوشت پرندگان، شامل ماکیانوتکه‌های آن ها تنها درصورتی در منطقه قطب جنوب مجاز است که پیش‌از تخلیه پردازشو استریل شده باشند.
۳٫۲٫۴-تخلیه زباله به دریا خارج از مناطق ویژه دریایی
۱- تخلیه زباله‌های زیر به دریا درخارج از مناطق ویژه تنها در حالتی مجاز است که کشتی در حال حرکت باشد و در بیشترین فاصله ممکن از نزدیک‌ترین ساحل و در هر صورت در حداقل فواصل زیر قرار گرفته باشد:
۱-۱ -۳ مایل دریایی از نزدیک‌ترین ساحل، برای زائدات خوراکی که از خردکن یا آسیاب گذشته باشند. این زائدات خوراکی خرد یا آسیاب شده باید بتوانند از صافی با دریچه‌های حداکثر ۲۵ میلیمتر مربع عبور نمایند.
۱-۲ – ۱۲ مایل دریایی از نزدیک‌ترین ساحل، برای زائدات خوراکی که مطابق بند فرعی ۱ فوق پردازش نشده‌اند.
