۳-۷- همسانه‏سازی ژن‏هایhrpG و hrpW در ناقل‏های کلونینگ (PGEM7zf(-) , pUC19)………….55
۳-۸- تایید همسانه‏سازی ژن‏های هدف در ناقل‏های کلونینگ (pGEM7zf(-))،( pUC19)………………57
۳-۸-۱- واکنش کلونی PCR کلون‏های گزینش شده……………………………………………۵۷
۳-۸-۲- تایید همسانه‏سازی ژن‏هایhrpW/G در ناقل‏های کلونینگ با روش هضم آنزیمی…………۵۸
۳-۸-۳- تایید همسانه‏سازی ژن‏های hrpW/G در ناقل‏های کلونینگ با روش واکنش زنجیره‏ای پلیمراز……………………………………………………………………………………………………………………………………۵۹
۳-۹- همسانه سازی ژن‏های hrpG/W در ناقل بیانی pBI121………………………………………………………59
۳-۱۰- تایید همسانه سازی ژن‏های hrpG/W در ناقل بیانی pBI121…………………………………………….62
۳-۱۰-۱- واکنش کلونی PCR کلون‏های تشکیل شده……………………………………………۶۲
۳-۱۰-۲- تایید همسانه‏سازی ژن‏های hrpG/W در ناقل بیانی pBI121 با روش واکنش هضم آنزیمی.۶۳
۳-۱۰-۳- تایید همسانه‏سازی ژن‏های hrpW/G در ناقل بیانی pBI121 با روش واکنش زنجیره‏ای پلیمراز……………………………………………………………………………………….۶۴
۳-۱۱- توالی‏یابی……………………………………………………………………………..۶۵
۳-۱۱-۱- نتایج توالی‏یابی……………………………………………………………………..۶۶
۳-۱۲- انتقال پلاسمیدهای نوترکیب pBI.hrpG و pBI.hrpW به سویه‏های آگروباکتریوم تومفاسینس.۶۷
۳-۱۳- تایید انتقال پلاسمیدهای نوترکیب pBI.hrpW/G به سویه‏های آگروباکتریوم تومفاسینس……..۶۷
۳-۱۳-۱- تایید انتقال پلاسمیدهای نوترکیب pBI.hrpW/G با روش کلونی PCR…………………………..67
فصل چهارم: جمع‏بندی کلی و پیشنهادها
۴- جمع‏بندی کلی نتایج……………………………………………………………………….۷۰
۴-۱- پیشنهادها………………………………………………………………………………۷۱
پیوست
۵- دستورالعمل استخراج و خالص‏سازی DNA ژنومی باکتری xanthomonas citri pv. citri سویه ۰۸۸(A*) NIGEB-……………………………………………………………………………………………………………………………………84
۵-۱- محلول‏های لازم جهت استخراج DNA ژنومی……………………………………………۸۴
۵-۱-۱- مراحل استخراج DNA ژنومی…………………………………………………………۸۵
۵-۱-۲- روش اسپکتروفوتومتری………………………………………………………………۸۶
۵-۱-۳- الکتروفورز بر روی ژل آگارز………………………………………………………….۸۷
۶- الکتروفورز با ژل آگارز……………………………………………………………………………………. ۸۸
۶-۱- نمای ساده از دستگاه الکتروفورز…………………………………………………………۸۸
۶-۲- ژل آگارز……………………………………………………………………………….۸۹
۶-۳- اتیدیوم بروماید………………………………………………………………………….۸۹
۶-۴- بافر بارگزاری ژل آگارز………………………………………………………………….۹۰
۶-۵- طرز تهیه محلول …………………………………………………………….TBE 0.5X91
۶-۶- طرز تهیه آگارز ۱%……………………………………………………………………………………………..۹۱
۷- دستورالعمل خالص‏سازی فرآورده‏های تکثیر شده و قطعات DNA از روی ژل آگارز…………………۹۲
۷-۱- خالص‏سازی فرآورده‏های تکثیر شده با کیت ……………………………………..Bioneer92
۷-۲- خالص‏سازی قطعات DNA از ژل آگارز……………………………………………………………………………۹۳
۸- دستورالعمل تهیه باکتری‏های مستعد برای پذیرش DNA خارجی…………………………………….۹۵
(( اینجا فقط تکه ای از متن درج شده است. برای خرید متن کامل فایل پایان نامه با فرمت ورد می توانید به سایت nefo.ir مراجعه نمایید و کلمه کلیدی مورد نظرتان را جستجو نمایید. ))

۸-۱- تهیه سلول‏های مستعد E.coli……………………………………………………………………………95
۸-۲- دستورالعمل تراریزش باکتری مستعد به روش شوک حرارتی………………………………………………۹۶
۸-۳- تهیه‏ی سلول‏های مستعد و انتقال پلاسمید‏های نوترکیب pBI-hrpW و pBI-hrpG به سویه‏های آگروباکتریوم تومفاسینس با بهره گرفتن از روش ذوب و انجماد……………………………………………………….۹۷
۹- استخراج پلاسمید در مقیاس کم از باکتری E.coli سویه DH5α……………………………………………..۹۹
۹-۱- استخراج پلاسمید به روش دستی…………………………………………………………۹۹
۹-۲- استخراج پلاسمید با بهره گرفتن از کیت MBST (دکتر شایان)…………………………………….۱۰۱
۹-۳- روش تهیه محلول های IPTG و …………………………………………………X-Gal103
۹-۳-۱- تهیه محلول ایزوپروپیل D-B تیوگالاکتوپیرانوزید (IPTG)…………………………………………….103
۹-۳-۲- تهیه ۵ برمو-۳ کلرو- اتیدولیل D-B گالاکتوزید (X-Gal)………………………………۱۰۳
۱۰- تهیه مایه تلقیح و بهینه ‏سازی شرایط مایه‏زنی گیاه میزبان……………………………………………………..۱۰۳
فهرست جداول
عنوان صفحه
۱-۱- بیماریزایی فرم‏های مختلف شانکر روی چهار گونه از مرکبات…………………………………. ۱۲
۱-۲- مشخصات آغازگرهای اختصاصی برای تکثیر و شناسایی…………………………………………. ۲۹
۲-۲- برنامه Multipelex PCR با آغازگر‏های MS+/MS– و Xac01/Xac02……………………… 30
۳-۲- ترکیب محلول مادری برای واکنش Multipelex PCR جهت شناسایی باکتری……………. ۳۰
۴-۲- شیب‏ دمایی به‏کار رفته برای تعیین بهترین دمای اتصال با آنزیم Taq…………………………. 32
۵-۲- ترکیب محلول مادری برای واکنش زنجیره‏ای پلیمراز با آنزیم pfu دی.ان.آ پلیمراز………. ۳۲
۶-۲- چرخه حرارتی به‏کار ‏رفته برای تکثیر نهایی با آنزیم pfu…………………………………………. 33
۷-۲- شرایط واکنش هضم ژن hrpW و ناقل همسانه‏سازی مربوطه (pGEM7zf(-))……………. 36
۸-۲- شرایط واکنش هضم ژن hrpG و ناقل همسانه‏سازی مربوطه (pUC19)…………………….. 36